Anadolu Selçuklu Devleti Sultanı I. Gıyaseddin Keyhüsrev yapıyı, kız kardeşi Gevher Nesibe’nin vasiyeti üzerine, 1204 yılında inşa ettirmeye başlamıştır. Yapı; tıp medresesi (tıbbiye), şifahane (hastane) ve bimarhane bölümlerinden oluşmaktadır. Gevher Nesibe Medresesi, Anadolu’nun ilk uygulamalı tıp medresesi olması bakımından dikkat çekicidir. “Çifte Medrese” adıyla da anılan medresenin içindeki kümbette Gevher Nesibe’nin kabrinin yer aldığı tahmin edilmektedir. Eski Türklerde ve Selçuklularda akıl hastalarına yönelik su ve müzik sesiyle tedavi uygulanan bimarhane bölümünde hastaların düzenli yıkanabilecekleri hamam da mevcuttur. Yapı, günümüzde Selçuklu Medeniyeti’nin her yönüyle ele alındığı ve bimarhane bölümündeki uygulamaların canlandırmalarla sunulduğu Selçuklu Uygarlığı Müzesi olarak kullanılmaktadır.
Şifahane ve medrese olarak iki bölümden oluşan yapı, dört eyvanla çevrelenmiş açık avluları ile tipik Selçuklu mimarisi planına sahiptir. Şifahane’nin taç kapısı Selçuklu taş işçiliğinin olgun bir örneğini sunar.